1. Высшим органом управления Союза является Съезд представителей членов Союза, избираемых на членских собраниях в соответствии с квотами, устанавливаемыми Советом Союза. Кворум Съезда образуют 2/3 его делегатов.
2. Совет Союза – исполнительно-распорядительный орган.
3. Председатель Союза (Епископ) – руководитель.
4. Генеральный секретарь — (Епископ).
5. Заместители председателя Союза (Епископы).
6. Совет епископов – совещательный орган при Председателе Союза (Епископе), в него входят Председатель Союза (Епископ), Генеральный секретарь (Епископ), заместители председателя и епископы местных объединений церквей.
Председатель осуществляет текущее руководство Союзом, представляет Союз во всех организациях и учреждениях на всей территории Республики Беларусь и за рубежом, совершает юридические действия в пределах своей компетенции, заключает договоры и соглашения с физическими и юридическими лицами, нанимает, увольняет штатных работников и утверждает их должностные оклады, является распорядителем кредитов, подписывает официальные и финансовые документы, выполняет другие обязанности, возложенные на него Съездом и Советом Союза. В случае временного отсутствия Председателя, по его распоряжению функции его исполняет Генеральный секретарь или один из заместителей председателя.
Председатель, Генеральный секретарь и заместители председателя осуществляют общее руководство в соответствии со своими должностными обязанностями, утвержденными Советом Союза, оказывают духовную и иную помощь церквам через посещение их и непосредственное участие в служении церквей.
Председатель, Генеральный секретарь и заместители председателя подотчетны Съезду и Совету Союза. Генеральный секретарь и заместители председателя непосредственно подчиняются Председателю Союза и подотчетны ему.
Председатель и Генеральный секретарь могут иметь помощников, назначаемых Советом Союза.
Председатель, Генеральный секретарь, заместители председателя, члены Совета Союза и другие служители по поручению Совета Союза или по просьбе церквей оказывают духовную помощь церквам в проповеди Евангелия, в избрании, рукоположении и освобождении служителей, в разрешении других вопросов церквей, организаций и миссий.
Все организации и миссии, учрежденные Союзом или местными объединениями церквей, действуют под их духовным руководством и подотчетны им в своей деятельности. Уставы, изменения уставов, правления и директора организаций и миссий утверждаются организациями, учредившими их.